凈化空調系統的加熱主要可分為空調箱內的空氣一次加熱（或稱為預熱）、空氣二次加熱（也稱作再熱）和設在風管上的電加熱。就空調加熱的熱源常用的主要有蒸汽、熱水和電加熱。
系統中的一次加熱多用在寒冷的北方（黃河以北）冬季作為預熱用，一方面防止塞外寒冷空氣進入空調箱后凍壞其他空調加配件，另一方面防止新風和回風混合時產生霧氣和結露。一次加熱的熱媒以蒸汽為好，如果采用熱水做為熱媒時要防止預熱器本身被凍壞。
系統中的二次加熱是潔凈廠房內溫度調節和濕度控制所必要的，二次加熱的熱媒主要是熱水，因為熱水作為熱媒時調節方便，控制的精度高。一般溫度精度要求≤±1℃時，應該用熱水做熱媒。當溫度控制要求不嚴格或無精度要求時也可以用蒸汽做熱媒。
當廠房溫度控制精度要求很高（例如<±0.5℃）單用二次加熱控制精度難以達到時可在風管上加設微調精控的電加熱器，采用電加熱器時要注意采取必要的安全保護措施，一方面電加熱器要接地，要有無風斷電的保護，另一廣面在電加熱器前后一米的風管必須采用不燃的保溫材料保溫（例如巖棉或玻璃棉）。